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真菌發(fā)生的與親本菌株或標(biāo)準(zhǔn)菌株性狀不一致的現(xiàn)象。包括表型變異、遺傳結(jié)構(gòu)變異和適應(yīng)性變異。遺傳結(jié)構(gòu)變異是表型變異的基本原因，有的表型變異可由環(huán)境變化引起。

表型變異 真菌表現(xiàn)出的可觀測(cè)到的各種形態(tài)、培養(yǎng)性狀、生理生化反應(yīng)及致病性等的變化。真菌形態(tài)和培養(yǎng)性狀的變異常在實(shí)驗(yàn)室條件下發(fā)生，而生理生化反應(yīng)和致病性的變異在自然界中也常發(fā)生。

形態(tài)變異 真菌的形態(tài)包括孢子大小、顏色、形態(tài)、產(chǎn)孢結(jié)構(gòu)、菌絲組織體等營(yíng)養(yǎng)體和繁殖體發(fā)生改變。真菌形態(tài)的變異，常使真菌鑒定和真菌分類命名工作產(chǎn)生混亂。

培養(yǎng)性狀變異 表現(xiàn)為菌落生長(zhǎng)速度的快慢、是否產(chǎn)生角變、色素產(chǎn) ......