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該所建于1950年。初為安徽省農(nóng)業(yè)廳水產(chǎn)試驗(yàn)站;1960年更名為安徽省水產(chǎn)研究所;1969年撤銷，干部下放勞動;1973年恢復(fù)安徽省農(nóng)林科學(xué)院后，改為安徽省農(nóng)林科學(xué)院水產(chǎn)研究所;1978年更為現(xiàn)名。下設(shè)養(yǎng)殖、品種和資源等3個研究室，擁有試驗(yàn)池塘4公頃，實(shí)驗(yàn)室和工作室1 300平方米及各種儀器設(shè)備。

該所現(xiàn)有職工36人，其中科技干部19人，高級研究人員3人，中級研究人員7人。主要從事水產(chǎn)研究及應(yīng)用開發(fā)，致力于把科技成果轉(zhuǎn)化為現(xiàn)實(shí)生產(chǎn)力。建所以來，共獲各類成果獎18項，其中部、省級二等獎1項、三等獎4項 ......